薬物療法で症状が改善しない場合などには手術が行われる。代表的な手術法は経尿道的前立腺切除術、通称TURPと呼ばれる方法。尿道から内視鏡を挿入し、患部を観察しながら先端に取り付けられた電気メスで肥大した前立腺を切除する。
この方法以前は開腹手術をしていたために入院が必要だったが、TURPであれば手術後数時間で歩け、日帰りも可能というメリットがある。一般的には1～2日の入院を要する。ただし、高い技術を要する手術であるため、切除が不完全な場合は再発する可能性もある。また前立腺を切除することにより、射精時に精液が膀胱に逆行してしまう逆行性射精が起こるというケースもある。また術後にはTURP反応と呼ばれる、吐き気や血圧の低下などの副作用が起こることもある。これは体内に入った灌流液が電解質のバランスを崩すために起こるとされている。
TURPに似た手術として、TUIPとTVPという方法もある。TUIPは電気メスで前立腺に切込みを入れる切開術。肥大が小さい場合はこの方法で排尿障害を治すことができる。TURPより簡単で体への負担が小さいため、高齢者や体力の衰えている患者に適している。
TVPは電気メスの代わりに高周波の電流が流れる電極などを使用して、前立腺を蒸散させて除去する方法。上記の2つの方法のように切り取るよりも、蒸散させるために出血が少なくて済むのが特徴。ただし完全に前立腺を切除することは難しく、効果で見るとTURPには及ばないという側面がある。
手術をすることの最も心配な点は副作用や後遺症。術後は尿道が広がるために一時的な尿失禁を起こすこともあり、また手術により尿道が傷つきやすくなるため尿道狭窄などを引き起こす可能性もある。命に関わるような危険性はほとんどないが、手術を行うには事前に医師とよく相談することが必要となる。